Une nouvelle rencontre... et de nouveaux adieux... Yûki et Zero partent en chasse pour capturer les terroristes qui prétendent servir le « roi des vampires ». Tandis qu'ils tentent de désamorcer une bombe, Zero, distrait par la présence d'une enfant, est enlevé par un groupe inconnu. Yûki et Maria , parties à son secours, doivent affronter un ennemi inattendu... Alors que la tension monte entre humains et vampires, le directeur de l'Académie Cross, Kaien Kurosu , se retrouve pris dans une émeute...