Les X-Men sont des mutants vivant en marge de la société. Ils sont pourvus de pouvoirs extraordinaires qu'ils mettent au service du bien. Mais ils sont souvent confrontés au rejet et à la crainte des humains qu'ils protègent. Tous les mutants, cependant, ne sont pas animés de bonnes intentions. Un groupe terroriste, conduit par le tout-puissant Magneto, cherche à détruire l'humanité. Combattant les préjugés et l'intolérance, les X-Men veulent instaurer une harmonie entre mutants et humains, même s'ils doivent en payer le prix.