Après avoir découvert les mille et une merveilles de la cité perdue de Xerxès, Edward retourne à Resembool, son village natal. Dans le cimetière, il fait une rencontre inattendue qui lui permet d'en apprendre plus sur la transmutation de sa mère. Dans le même temps, à Central City, Scar poursuit son jeu de massacre parmi les alchimistes d'Etat, tandis que les homonculus continuent d'avancer.