À Shinjuku, les crimes font partie du quotidien. Cependant, il existe un nom dont la simple évocation suffit à faire trembler les plus grands malfaiteurs ; City Hunter. Derrière cette appellation se cachent Ryo Saeba, le nettoyeur, et Hideyuki Makimura, le flic. Cette redoutable équipe prend un malin plaisir à interférer avec les affaires d'individus peu recommandables, ce qui éveille aussi bien des rancoeurs que des inquiétudes chez leurs opposants. Parmi eux, l' Union Teope, une organisation criminelle, est bien décidée à régler le problème City Hunter une bonne fois pour toutes...