20th Century Boys Pour protéger Kanna qu'il considère comme le dernier rempart face à la folie meurtrière d'Ami, Shôgun s'est échappé de la Luciole des Mers, une prison de haute sécurité située dans la baie de Tokyo. Alors qu'il arrive en ville, un meurtre commis dans le quartier chinois déclenche une vague de violence. L'organisation d'Ami continue de régner sur le monde...